評價指標體系的匹配性問題。首先，績效指標的科學設定是公共管理領域的世界性難題，最終體現(xiàn)是績效評價報告，績效評價工作的結論取決于績效指標體系，結論要與報告提出的問題和建議密切，但現(xiàn)階段很多報告存在績效評價結論和指標體系邏輯匹配性不足的問題?？冃гu價結論理應同問題、建議呈正相關關系，評價指標體系的設定要與部門、政策、項目相匹配，并充分反映其運行狀態(tài)。
其次是指標數(shù)量的確定，產(chǎn)出包含數(shù)量、質(zhì)量、時效和成本，效益包含經(jīng)濟效益、社會效益、生態(tài)效益、可持續(xù)性等，若有一個指標既反應項目產(chǎn)出，同時又能夠體現(xiàn)社會效益，目前學界和行業(yè)內(nèi)尚未對當如何界定這一指標進行探討，以致出現(xiàn)指標體系設定的隨意化。
過于重視形式，忽略預算管理實質(zhì)。項目、政策和部門整體支出之間不是相互孤立的，項目、政策和部門整體支出績效評價是一個有機整體，人為地將其割裂開來將不足矣反應各級政府部門的實際需求。項目、政策、和部門整體支出績效評級是一個由點到面再到整體的過程，績效評價報告應能夠反映層層推進的邏輯特征，否則報告將呈現(xiàn)碎片化，難以形成累積效應，不利于地區(qū)合力的形成和績效管理水平的提高。
邏輯性缺失，報告內(nèi)容缺乏合理性。整體評分較高而指出的問題較為嚴重；調(diào)查問卷、訪談缺乏樣本量確定原則，自評單位一般不做滿意度調(diào)查，第三方機構在做滿意度調(diào)查時出現(xiàn)問卷發(fā)放隨意，問卷內(nèi)容與項目關聯(lián)度低，數(shù)據(jù)采集做了很多但缺少合理性分析等問題。
報告深度不足，不能為管理決策提供依據(jù)。比如報告指出的問題較為零碎，缺少總結提煉，針對性不足，僅僅是對項目情況的簡單描述；挖掘深度不夠，限于項目本身，未能從政策設計、預算合理性安排、部門履職等更高層面進行反思；所提建議粗略籠統(tǒng)，應用性和前瞻性不足，難以對現(xiàn)狀做出實質(zhì)性改變，績效報告不能真正發(fā)揮咨詢作用。
委托方存在的問題
選擇的評價項目針對性不足，委托方在項目選擇方面缺乏合理統(tǒng)籌。委托方對于績效評價項目的選擇存在隨意性，沒有從有利于提升評價報告質(zhì)量、擴大評價結果應用的角度出發(fā)展開遴選。委托方應通盤考慮，綜合多種因素選擇相應的項目、政策和部門整體支出開展績效評價。
整體而言，當前理論上并沒有將項目、政策和部門整體支出三類績效聯(lián)系起來，而是看成各自發(fā)展、互無關聯(lián)的不同領域。實踐上也是分類推動，沒有發(fā)展出了一系列的統(tǒng)籌機制和整體性的制度安排。
評價目的和要求不明確。委托方在開展績效評價時，往往有預期的評價重點，但未向第三方機構闡明評價重點和評價要求，或不斷調(diào)整評價要求，使得第三方機構無法準確了解委托方的評價意圖，僅根據(jù)文件要求實施常規(guī)評價流程，沒有側重點，淪為完成性評估，或自尋突破口，造成評價方向偏離，評價結果有效性較差。
未對評價工作做到全程把控。委托方對評價過程關注較少，僅采用方案評審和報告評審的模式進行質(zhì)量把控，第三方機構在評價過程中遇到問題不能及時溝通，評價重點偏離也不能及時發(fā)現(xiàn)，面臨時間緊任務重的情況，評價工作往往流于形式。
第三方機構存在的問題
權威性與中立性不足。第三方機構在評估過程中存在對委托方的依賴和對被評估方的遷就，導致獨立性的喪失，評價結果難以保持客觀中立。
評價人員業(yè)務能力有待提升。當前從事財政支出績效評價的人員普遍從業(yè)年限較短、評價經(jīng)驗不足、知識儲備不全面，尤其缺乏對財政管理和預算管理體制的認知和理解，要完成一份高質(zhì)量的績效評價報告十分具有挑戰(zhàn)性。
預算單位存在的問題
被評價方的配合度較低。如若把有限時間忙于事務性工作，將大大減少評價工作的有效時間，直接影響報告質(zhì)量。
部分被評單位存在抵觸情緒。在評價工作開展過程中拖延隱瞞，使得第三方機構無法全面了解項目情況，評價方向產(chǎn)生偏差，迫于時間壓力評價工作只能浮于表面，看不到實質(zhì)性問題，提不出具有可操作性的建議。
委托方方面
在項目選擇上。縱向上放眼長遠，結合國家中長期發(fā)展戰(zhàn)略規(guī)劃、財稅體制改革、黨委政府重點工作等方針政策，選擇密切關系民生、站在改革風口的項目去探究，統(tǒng)籌推進和把握，逐步推進本地區(qū)績效水平的整體改進。
橫向上選擇有利于幾級政府聯(lián)動或資金鏈條長的項目，通過立體式評價擴大影響力，將評價結果在域范圍內(nèi)應用，同步設立支出標準、共同完善預算管理和項目管理機制。
第三方機構方面
形式上：
報告結構體例的規(guī)范性。要對照財政部門規(guī)定的格式要求，重點檢查字體、行距、圖表編排、整體排版、報告層級劃分等各方面是否規(guī)范。
文字數(shù)據(jù)的準確性。評價報告中文字表述要確保準確、報告全文前后邏輯要嚴謹。
報告交付的及時性。審核第三方是否能按照規(guī)定時間要求完成提交績效報告及報告修改。
內(nèi)容上：
基本情況要詳實。主要看績效評價報告中對被評價資金或項目的背景情況介紹和對財政資金的來源、去向的描述。
數(shù)據(jù)利用要充分、分析要透徹。績效評價報告應充分使用被評單位提供的數(shù)據(jù)來支撐觀點、說明問題，評價報告的數(shù)據(jù)使用要足夠充分，并結合圖表法、比較法等方式對收集的數(shù)據(jù)進行組織整理和分析，并展現(xiàn)相應的分析的結論。
指標分析思路要清晰嚴謹。正文表述要清晰、無歧義；理據(jù)充分客觀、沒有主觀猜測；分析合理，沒有邏輯錯誤；條理分明，對要表達的觀點能逐一說明、闡釋。
評價結論：實事求是提出問題，且有事實依據(jù)和邏輯分析作支撐；問題的提出要歸納性強且能反映普遍性情況；提出問題要突出或關注價值大；提出問題要表述清楚、邏輯清晰、沒有歧義。
